Portanto, a resposta para o meu problema é semi-não relacionada a UBUNTU, Semi, porque o problema não existia até que eu Atualizei meu servidor para 16.04, mas a correção era de hardware. Depois que eu instalei o ubuntu 16.04 duas vezes na minha partição raiz, perdendo toda a configuração que eu tinha antes, aprendi que alguns desktops forçariam o SATA0 a ser a unidade do sistema operacional padrão, mesmo que um não esteja localizado lá, percebi isso quando inicializei o sistema com todas as unidades montadas que o BIOS me disse a ordem de unidade de boot HDD e aquele com ROOT foi o segundo. Depois de mudar os cabos em torno de tudo parece estar em ordem. Acabei de montar o resto das unidades, nada perdido.