Não sei se isso está relacionado, mas acho que devo mencionar que tenho um diretório de imagens onde guardo mais de 1 milhão de arquivos de imagem.
Esse é o seu problema. Cada diretório e arquivo também consome 1 inode para que não conserte seu problema.
df -i
mostra-lhe inodes (verifique o seu próprio sistema quantos você tem livre) Exemplo:
Filesystem Inodes IUsed IFree IUse% Mounted on
udev 1518973 590 1518383 1% /dev
tmpfs 1523785 843 1522942 1% /run
/dev/sda2 3049648 190226 2859422 7% /
tmpfs 1523785 15 1523770 1% /dev/shm
tmpfs 1523785 3 1523782 1% /run/lock
tmpfs 1523785 18 1523767 1% /sys/fs/cgroup
/dev/sda1 0 0 0 - /boot/efi
/dev/sda5 2256576 12935 2243641 1% /home
/dev/sdb1 61054976 1638 61053338 1% /discworld
cgmfs 1523785 14 1523771 1% /run/cgmanager/fs
tmpfs 1523785 33 1523752 1% /run/user/1000
A falta deles também é "sem espaço no dispositivo".
Você define a quantidade de inodes durante a criação da partição, portanto, não é fácil corrigir quando o disco contém tantos arquivos (é necessário fazer o backup, recriar o sistema de arquivos e depois restaurá-los).
Provavelmente, é melhor criar uma segunda, terceira e quarta partição e armazenar esses arquivos nessas partições.