Você pode fazer isso com um script simples. Basta criar uma pasta com todas as imagens que você deseja converter e lançar o seguinte script na mesma pasta:
img_convert.sh
#!/bin/bash
FILES=*.png
mkdir -p ./converted
for i in $FILES
do
echo "Processing image $i..."
/usr/bin/convert "$i" -filter Lanczos -resize 50% ./converted/converted_"$i".jpeg
done
Editar:
@pzkpfw apontou que você pode simplesmente executar este comando no seu shell para o mesmo resultado:
for i in *.png; do convert "$i" -filter Lanczos -resize 50% converted_"$i".jpeg;