Se você estiver usando o Ubuntu com a área de trabalho do Unity, o que pode acontecer quando você toca é quando pressiona a tecla Alt. Essa é a chave que, por padrão, traz o Unity HUD. Por causa da maneira como o Wine e o X11 interagem, você não o vê, mas está lá e agora está "roubando" a entrada. É por isso que pressionar Esc cura o problema.
Você pode reativar isso. Instale o gerenciador de configurações do CompizConfig, clique no Plugin do Unity e na aba "General", redefina "Key para mostrar o HUD quando tocado". Eu liguei para Ctrl + Alt.
Você também pode vincular a funcionalidade da tecla Alt no jogo a alguma outra chave, para que não precise tocar nela quando quiser ver o que houver no chão.
Se você acidentalmente tocar na tecla do Windows, algo semelhante pode acontecer. Esta é a chave que normalmente invoca o Unity Dash (pense no menu Iniciar do Windows). É estranho porque a Blizzard não adicionou uma opção para desabilitar a chave Win no D3. Eles têm isso no SC2.