O CCleaner é um aplicativo do Windows, mesmo que você o execute com o Wine, não fará sentido fazer isso porque ele remove arquivos com base em seus caminhos de arquivo, o que é totalmente diferente no Ubuntu. Outros programas executados pelo CCleaner têm problemas semelhantes e a limpeza do registro afetará apenas as configurações de vinho do CCleaner.
Portanto, o CCleaner não é benéfico para o Ubuntu.