Eu encontrei a solução para o meu problema. Vou postar aqui para que qualquer um que tenha o mesmo problema não fique preso.
mypass=$(sed '2q;d' .auth)
debconf-set-selections <<< "mysql-server mysql-server/root_password password "$mypass
debconf-set-selections <<< "mysql-server mysql-server/root_password_again password "$mypass
Eu não passei o tipo esperado, que foi password
. É por isso que o script estava reclamando da senha.
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