O que está acontecendo neste caso é que o PulseAudio bloqueia o backend do ALSA que o LMMS tenta acessar repetidamente (causando a alta CPU) e como o Pulse bloqueou, o LMMS não consegue enviar o áudio.
Você pode facilmente desativar o PulseAudio ao usar o LMMS iniciando o LMMS com o comando pasuspender
lmms
.
Isso, ou você poderia simplesmente usar o Pulse como saída e aplicar algumas dicas de redução de latência .