Não, o seu controlador e outro hardware não se importam com quantas partições você tem, não há motivo para sua preocupação específica.
Eu tenho cerca de três sistemas operacionais, incluindo dois sabores de 'untu' em cada um dos dois laptops. Até agora, o Ubuntu tem sido ótimo em lidar com minha predileção por partições extras. Este foi o caso de 14.04, 14.10 e 15.04. Até agora .
Eu gosto de pequenas partições para backups - uma em torno de 700MB para backups em CD, outra para backup em DVD, uma para meus antigos flash drives de 2GB, talvez um 16 e um 32 para transferências com flashdrives USB 3.0 maiores. É fácil limpar o espaço em disco não utilizado ou partições inteiras, o que é uma grande conveniência e aprimoramento de segurança.
Nunca tive problemas para ler partições com gpart, Partition Wizard e geralmente consigo montar partições com problemas ocasionais quando há conflito de permissões. Algumas das minhas partições são criptografadas por um dos meus muitos sistemas operacionais Linux e algumas não são criptografadas.
Meu vício em várias partições entrou em uma nova fase quando descobri que, como aponta Rod Smith, o Ubuntu espalha seus arquivos de inicialização e configuração para o Grub em duas partições. Eu tive um problema para mostrar meu 'untu installs na tela de inicialização e descobri que é fácil fazer com que o grub seja atualizado através do log do modo de recuperação quando experimentei instalar com partições raiz, de boot e home ao invés das duas mais típicas -partition instalar.
Assim, com uma média de três sistemas operacionais por laptop, e um interesse em ir para um quad-boot, isso me deixaria com cerca de 14 partições contando as partições do Windows Recovery e meu próprio backup de partição de inicialização.
Eu tive um problema com uma distro baseada no Ubuntu (Mint) que, depois de algumas atualizações, não podia mais ler uma unidade criptografada. Eu tive que reinstalar e esse problema me faz pensar se, como eu procedo com várias atualizações, se o Ubuntu pode não ser capaz de garantir seu desempenho com uma rede muito incomumente complexa de partições.
Minha pergunta é se estou cortejando o desastre. Existe um risco significante de que em algum momento meu controlador de disco ou alguma outra função do sistema simplesmente irá travar e queimar quando e se eu adicionar muitas pequenas partições? E, por falar nisso, existe algum tipo de penalidade de desempenho maior que eu pago? Até aí tudo bem, mas eu prestaria atenção aos conselhos daqueles com experiência diferente.
Não, o seu controlador e outro hardware não se importam com quantas partições você tem, não há motivo para sua preocupação específica.
Como foi dito em alguns comentários, não há problema de hardware com o número de partições; Discos e controladores de disco lidam com números de setores, e não sabem nem se importam com quais dados estão nesses setores ou para qual partição o setor está alocado. AFAIK, caches de disco no nível do sistema operacional também não são uma preocupação.
O antigo sistema de particionamento Master Boot Record (MBR) é limitado a quatro partições primárias, uma das quais pode ser uma partição estendida que pode conter um número arbitrário de partições lógicas. Observe que o limite do MBR às vezes cria problemas porque um disco já pode ter quatro primárias, o que dificulta a criação de partições adicionais. Este não é realmente o ponto de sua pergunta, no entanto. A mais nova tabela de partição GUID (GPT) é padronizada para um limite de 128 partições; no entanto, esse limite pode ser aumentado se necessário (poucas ferramentas permitem essa alteração, mas gdisk pode fazer isso).
Os limites de MBR e GPT são baseados nas próprias estruturas de dados. Sistemas operacionais e utilitários de disco podem impor limites mais baixos. IIRC, versões recentes do Windows não têm limite definido, embora o mapeamento usual de drives para letras no alfabeto romano, começando com C: , signifique que você não pode mapear mais de 24 sistemas de arquivos dessa maneira. (Acho que versões mais antigas do Windows tinham um limite inferior - provavelmente 16 ou 24 - mas não me lembro dos detalhes.) Havia originalmente um limite de, IIRC, 16 partições no kernel do Linux; no entanto, distribuições modernas, incluindo o Ubuntu, fornecem maneiras de contornar esse limite, com as soluções alternativas ativadas por padrão. Eu criei, como teste, discos MBR e GPT com mais de 16 partições - cerca de 100, IIRC. As distribuições Linux que eu usei para isso (Gentoo e Ubuntu, IIRC) lidaram bem com esses discos. Eu nunca tentei esses discos no Windows, então não sei como isso iria reagir. Idem para o FreeBSD e outros sistemas operacionais. Se você estiver inicializando no modo EFI ou mesmo com um computador que usa o firmware EFI, considere também como ele reagiria, algo que eu nunca testei. É concebível que uma EFI possa ser desconectada e interrompida se for alimentada com um disco com cem partições. Essa reação pode variar de uma EFI para outra também, por isso, mesmo se você souber de um sucesso ou de uma falha, esse resultado pode não se aplicar ao seu computador.
Em suma, você deve estar seguro com até 16 partições em qualquer circunstância. Se você quiser ir além desse limite, talvez queira testar usando uma unidade flash USB ou um disco rígido extra, para garantir que o firmware e todos os seus sistemas operacionais possam lidar com isso.