Este é um problema XY . Você realmente não precisa fazer o backup de todo o sistema, como se você não estivesse feliz com o novo kernel que você pode . Você nem precisará desinstalar o novo kernel!
Mas se você realmente quiser fazer o backup do seu sistema, existem programas como o DéjàDup para fazer isso. Você pode encontrá-lo no Ubuntu através do Dash, procurando por "backup".