Você escreveu um script ou simplesmente adicionou as "funções"?
Exemplo de script
#!/bin/bash
synclient HorizTwoFingerScroll=1
O fórum do usuário do ubuntu diz (desde a versão 13.10)
Você precisa ir para
Startmenu -> Settings -> Default applications for LXSession -> Autostart
e adicione seu script aqui. (Digitando seu caminho para o script na caixa de texto e clique em adicionar ("Hinzufügen"))
Alternativa:
Adicione seu script aqui
~/.config/lxsession/Lubuntu/autostart
Fonte: link (em alemão)