No Ubuntu 16.04, o suporte para as barras de rolagem Overlay / Unity foi descartado em favor das barras de rolagem do Gnome. O relevante bugs sobre as antigas barras de rolagem foram fechadas, pois não serão corrigidas.
Como o Firefox não usou o GTK3, no entanto, mesmo aqueles não funcionaram quando o 16.04 foi lançado. O Firefox 46, no entanto, finalmente inclui a integração do GTK3, então as barras de rolagem do Gnome agora são exibidas.
Quanto a outros aplicativos, isso depende do suporte deles para o GTK3. O LibreOffice, por exemplo, tem algum suporte (apenas baixe o pacote libreoffice-gtk3
para ver as barras de rolagem), mas atualmente ele parece estar muito corrompido com qualquer tema escuro (por exemplo, o Ambiance padrão do Ubuntu).