O RKHunter é famoso por seus falsos positivos. ClamAV é melhor!
Esses três diretórios ocultos não são perigosos! Eu recebo exatamente essas notificações desde 2010.
O /etc/.java é criado pelo Oracle Java e também pelo OpenJDK para certificados digitais.
O /dev/.udev é criado pelo daemon do udevd.
O link simbólico /dev/.initramfs para / run / initramfs é onde o sistema de arquivos ram inicial é montado durante o processo de inicialização do sistema.
Você pode removê-los sem problemas, eles serão recriados pelo sistema quando necessário.