Não tenho certeza se funcionará para você, mas você pode tentar abrir o terminal e digitar
gsku gnome-disks &
ou eu acho que se você não tem gksu você pode digitar
sudo gnome-disks &
Em seguida, selecione a unidade externa e clique no ícone na parte superior direita que se parece com três linhas verticais e escolha Drive Settings
Você pode definir os tempos limite de espera lá ... novamente, não tenho certeza se isso funcionará para sua situação, mas vale a pena uma tentativa: D Pode ter o mesmo problema por ser um HD externo, embora não tenha certeza de que funcionará, mas não posso testá-lo porque não tenho a disponibilidade de um HD externo
se você não tiver os gnome-disks instalados, poderá instalá-lo usando
sudo apt-get install gnome-disk-utility