Você precisa armazenar a contagem em algum lugar onde ela persistirá em várias execuções do script, já que as variáveis estão apenas na memória para essa única execução.
O lugar mais fácil é provavelmente em um arquivo.
A maneira particular de armazená-lo em um arquivo depende de alguns fatores, incluindo quantas vezes você está contando e se espera execuções simultâneas. Um jeito simples e robusto seria assim
if CONDITION
then
echo run >> ~/script-counter
fi
Isso acrescenta uma linha a um arquivo toda vez que ele é executado. (Você pode querer escolher um nome ou local melhor para o arquivo para refletir o que ele realmente faz no seu programa.)
Isso é bem simples, e será bastante robusto se o script for interrompido ou se você executar várias cópias ao mesmo tempo.
Você pode encontrar a contagem com wc -l ~/script-counter
Você pode redefinir o contador apenas esvaziando o arquivo, com
: > ~/script-counter
( :
é um comando interno do shell que não faz nada, então redirecioná-lo para o arquivo esvazia o arquivo.)