- Vá para Ferramentas > Preferências
- Abaixo da interface você encontrará duas opções para marcar, eu as marquei para você nesta imagem:
Verifique"Pop-up do Systray quando minimizado" Marque "Mostrar ícone do systray"
3. Feche o VLC.
4. Agora abra-o usando:
vlc --qt-start-minimized
Espero que isso funcione para você.