Eu acho que você precisa tocar música de fundo e, de qualquer maneira, você fica com os controles na tela enquanto reproduz o vídeo. A última versão do VLC Media Player não tem a opção de 'Systray popup quando minimizado' e no meu caso, o ícone systray também não é mostrado. Então, surgiu outra idéia de usar algo que o Linux fornece por padrão. Eu usei dois espaços de trabalho.
Um é para os meus trabalhos e outro onde o VLC está sendo executado, mas você ainda obtém os controles no ícone Sound Systray.
As seguintes imagens mostram como estou gerenciando:
VLC Media Player no espaço de trabalho 2:
OcontroledoVLCMediaPlayernomeuespaçodetrabalho: