Nenhum pacote não será atualizado / você não receberá uma notificação ao usar o gerenciador de pacotes do sistema apt-get . As instalações personalizadas de pacotes são apenas isso, personalizadas e, por algum motivo, o apt não interfere em ambos para não substituir arquivos de configuração, sinalizadores de compilação específicos ou locais de diretório.
Quando você remove o emacs usando apt-get remove , ou seja. do repositório oficial, o pacote não aparecerá mais ao executar apt list installed , que são a lista de pacotes lidos no processo de atualização usando o gerenciador de pacotes do sistema.
Você pode ter uma dependência de pacote reclamando sobre a versão do emacs em algum momento se você não a mantiver atualizada, o que o alertaria para atualizar o emacs, mas provavelmente você obteria erros estranhos e teria que descobrir o que está causando isso.