Procurando mais informações sobre o rclone, deparei com sua pergunta. O que eu pensei é para sincronizar com um diretório vazio, a partir de:
rclone sync / path / para / a / empty / folder gdrive:
Teoricamente, isso poderia funcionar, seguindo o escrito no link como premissa: "Sincronize a origem com o destino, alterando apenas o destino ... O destino é atualizado para corresponder à origem, incluindo a exclusão de arquivos, se necessário." É apenas uma solução e eu não testei, apenas pensei que seria bom mencionar. Boa sorte:)