Mas se você está apenas armazenando dados, o NTFS é bom e tanto o Ubuntu quanto o Windows podem ler / gravar de / para ele.
Caso você queira algo que seja suportado por todas as três plataformas, confira o Sistema de arquivos UDF .
EDIT: Como mencionado pelo usuário Fabby, esta resposta detalha como você pode realmente conseguir executar o Ubuntu e Windows no mesmo Partição NTFS. Eu absolutamente não recomendaria isso, a menos que você realmente saiba o que está fazendo.