problema de instalação de software AUTODOCK

Question

Eu sou novo usuário para o Ubuntu. Eu sempre usei janelas, mas tenho muito pouco conhecimento sobre linhas de terminal e de comando. ((Como eu sou um pesquisador acadêmico com experiência em medicina) Mas eu tenho acompanhado esse fórum do Ubuntu por todos os lados, e isso me ajudou muito. Eu estou realmente agradecido ao fórum do Ubuntu por todo esse grande esforço.

Agora, atualmente estou procurando uma solução para um problema específico relacionado à instalação de ferramentas AUTODOCK e AUTODOCK (ADT).

Estou usando o Ubuntu 15.04. e estou usando o gerenciador de pacotes Synaptic para instalar programas e aplicativos diferentes. E eu instalei o pacote de ferramentas MGLtools, AUTODOCK, AUTODOCK e outros arquivos deste gerenciador. e na lista de pacotes instalados também estão aparecendo.

mas quando tentei iniciar o aplicativo "ADT" ou "Autodock" eu não encontrei o ícone (como o ícone do "Avogadro" apareceu após a instalação). Eu tentei lançá-lo via terminal também .. mas lá está mostrando 'comando não encontrado'.

Por favor, diga-me o procedimento correto para instalar este software. ou onde estou errado na instalação do software.

Eu realmente preciso deste aplicativo no meu sistema o mais rápido possível. este software é uma das principais razões pelas quais eu comecei a usar o Ubuntu.

aqui abaixo mostrei os comandos e sua saída do terminal. Espero que possa ajudar a entender melhor o problema.

akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ autodock
No command 'autodock' found, did you mean:
 Command 'autodock4' from package 'autodock' (universe)
autodock: command not found
akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ autodock4
usage: AutoDock     -p parameter_filename
            -l log_filename
            -k (Keep original residue numbers)
            -i (Ignore header-checking)
            -t (Parse the PDBQT file to check torsions, then stop.)
            -d (Increment debug level)
            -C (Print copyright notice)
            --version (Print autodock version)
            --help (Display this message)


akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ autodock-vina
autodock-vina: command not found
akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ 

    

Answer 1

Sua instalação estava correta. Para ver um ícone em seu lançador, você precisa de um arquivo de área de trabalho e, certamente, um arquivo executável. Para usar a linha de comando, você precisa apenas de um arquivo executável. Mas há um problema enorme, dê uma olhada no final da minha resposta.

1. O pacote autodock

   • Arquivos executáveis

     /usr/bin/autodock4
     

   • Arquivos da área de trabalho

     nenhum

2. O pacote autodocktools

   • Arquivos executáveis

     /usr/bin/autodocktools
     /usr/bin/autoligand
     /usr/bin/runAdt
     

   • Arquivos da área de trabalho

     nenhum

3. O pacote avogadro

   • Arquivos executáveis

     /usr/bin/avogadro
     /usr/bin/avopkg
     

   • Arquivos da área de trabalho

     /usr/share/applications/avogadro.desktop
     

     Portanto, você pode iniciá-lo via Avogadro no seu Launcher

4. O pacote autodock-vina

   • Arquivos executáveis

     /usr/bin/vina
     /usr/bin/vina_split
     

   • Arquivos da área de trabalho

     nenhum

Por que eu sei disso?

Experimente os comandos abaixo, as linhas com um % são os comandos. Todas as outras linhas são a saída dos comandos.

% dpkg -L autodock | grep desktop

% dpkg -L autodock | grep /bin
/usr/bin
/usr/bin/autodock4

% dpkg -L autodocktools | grep desktop

% dpkg -L autodocktools | grep /bin
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/adt3
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/adt
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/runAdt.py
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/runAdt
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/adt4
/usr/bin
/usr/bin/runAdt
/usr/bin/autoligand
/usr/bin/autodocktools


% dpkg -L avogadro | grep desktop
/usr/share/applications/avogadro.desktop

% dpkg -L avogadro | grep /bin   
/usr/bin
/usr/bin/avopkg
/usr/bin/avogadro

% dpkg -L autodock-vina | grep desktop

% dpkg -L autodock-vina | grep /bin   
/usr/bin
/usr/bin/vina_split
/usr/bin/vina

O problema

Depois de iniciar o ADT via terminal com /usr/bin/autodocktools , você verá algo assim:

Run ADT from  /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/__init__.py", line 433, in runADT
    title=title, withShell= not interactive, verbose=False, gui=gui)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Pmv/moleculeViewer.py", line 1026, in __init__
    trapExceptions=trapExceptions)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VF.py", line 387, in __init__
    verbose=verbose)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VFGUI.py", line 444, in __init__
    verbose=verbose,guiMaster=VIEWER_root,)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Viewer.py", line 586, in __init__
    cnf=cnf, **kw)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Viewer.py", line 285, in AddCamera
    c = classCamera(master, screenName, self, num, cnf=cnf, **kw)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Camera.py", line 2189, in __init__
    self.AddTrackball()
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Camera.py", line 2583, in AddTrackball
    self.trackball = Trackball(self, size, rscale, tscale, sscale, renorm )
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Trackball.py", line 88, in __init__
    self.createSpinGui()
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Trackball.py", line 726, in createSpinGui
    callback=self.setWithSpinGui,
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/mglutil/gui/BasicWidgets/Tk/vector3DGUI.py", line 90, in __init__
    self.createEntries(self.frame)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/mglutil/gui/BasicWidgets/Tk/vector3DGUI.py", line 360, in createEntries
    self.f.grid(column=3, rowspan=3)
  File "/usr/lib/python2.7/lib-tk/Tkinter.py", line 2022, in grid_configure
    + self._options(cnf, kw))
TclError: cannot use geometry manager grid inside .140381967613608.140381967671520.140381951084592.140381951131944 which already has slaves managed by pack
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Este parece ser um bug conhecido no Ubuntu / Debian e atualmente não tenho idéia de como corrigir isso.