Essa é uma das coisas mais chatas do mundo!
O Unity é um plugin compiz e você está usando um desktop compiz, então primeiro instale o compizconfig-settings-manager. Abra um terminal e execute os seguintes comandos:
sudo apt-get update
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
ccsm &
Agora, role a tela para baixo até a categoria Gerenciamento de janelas, ative o plug-in Mover janela e saia do ccsm.
Por padrão, este plugin está configurado para iniciar uma movimentação da janela quando você pressiona ALT + o botão esquerdo do mouse.
Portanto, mova o mouse sobre qualquer lugar da janela, mantenha pressionado ALT e pressione o botão esquerdo do mouse para clicar e arrastar a janela incorreta para baixo atrás do painel.
Além disso, parece que lembro de ter um plug-in ativado ou desativado que causaria o comportamento que você está enfrentando, mas não consegue lembrar o que era. Espero que, uma vez que você feche a janela em uma área diferente, ela não queira se abrir naquele lugar horrível novamente.