Minha resposta à sua pergunta é Não deveria .
Tanto quanto eu tenho usado o Ubuntu eu vi processos parando apenas quando é dito para fazê-lo (eu uso um plugin rhythmbox que pára de jogar msic quando o screnn fica bloqueado sem esse plugin a música continua.). Também faço a mesma coisa que você faz, ou seja, bloquear a tela e manter coisas para sincronização, download etc, mas nunca aconteceu que o processo é interrompido.