Eu acho que, na verdade, isso precisa ser uma resposta. Diga-me se estou errado.
O ícone do Minecraft não tem um círculo e não é plano porque não é assim que o ícone foi criado. O restante dos ícones faz parte do conjunto Numix, que criou ícones especialmente para a maioria dos programas no Ubuntu. Nem tudo vai se adequar ao seu tema, já que os criadores de temas não podem criar um ícone especial para cada aplicativo disponível.
Se você realmente quiser que ele esteja em conformidade com o resto dos seus ícones, você terá que editar o ícone manualmente, com o GIMP ou o PhotoShop, para colocar um círculo em torno dele e nivelar as cores.