Existe um plugin para o GIMP, escrito por Nathan Osman .
Você pode adicionar esse plug-in a partir de seu PPA de webptools:
sudo apt-add-repository ppa:george-edison55/webp
Em seguida, instale o pacote necessário: gimp-webp
sudo apt-get install gimp-webp
Quanto a thumbnails no nautilus, isso parece ser um bug com MIME, já que aparentemente (assim me disseram) o Nautilus já "suporta" o formato webp, mas as miniaturas não aparecem como deveriam.