Se você não quiser executar o arquivo de auto-inicialização para o ssh-agent, apenas adicione:
Hidden = true
para o arquivo .desktop em /etc/xdg/autostart
ou em ~/.config/autostart
Se você não for o único usuário do sistema, talvez queira copiar o arquivo .desktop para ~/.config/autostart
e definir a entrada Hidden
lá. Ele deve substituir a configuração de todo o sistema da sua conta de usuário, se a norma for respeitada .
A documentação do Gnome também explica como usar ssh-add com o chaveiro gnome, apenas observe que o A seção sobre gnome-session-properties
está desatualizada, pois esse utilitário foi descontinuado e removido de versões recentes.
Eu também consultaria a página man do ssh-add para entender exatamente o que acontece.
Btw, eu fiz uma pequena pesquisa nas extensões do gnome para o padrão de entrada da área de trabalho.