Acho que é porque a sua unidade USB tem um sistema de arquivos que não armazena permissões de bit executáveis e está sendo montado para que todos os arquivos apareçam como executáveis.
Uma opção de montagem como showexec
para sistemas de arquivos fat deve fazer isso: Se definido, os bits de permissão de execução do arquivo serão permitidos somente se o
parte de extensão do nome é .EXE, .COM ou .BAT. Não definido por padrão.
Você pode verificar como sua unidade é montada com o comando mount
e man mount
tem muitas informações sobre as diferentes opções.