Primeiro de tudo você deve notar que você está indo para instalar o Ubuntu em um segundo disco rígido e não no mesmo disco ao lado, assim você não deve se importar se o Ubuntu pode mostrar o Windows ou não, já que a opção de inicialização agora é não controlado no gerenciador de boot do Ubuntu, que é chamado GRUB. A opção de inicialização agora é controlada pelo BIOS do seu sistema, para que você tenha tempo de escolher de qual disco rígido inicializar e, assim, inicializar o sistema operacional necessário.
De qualquer forma, para instalar o Ubuntu agora no segundo disco rígido você pode manter o HDD do Windows conectado, mas você deve ter o cuidado de escolher a unidade certa para instalar o Ubuntu (a unidade gratuita), e como isso tem algum resgate eu aconselho Desconecte a unidade do Windows do seu PC, em seguida instale o Ubuntu na segunda unidade e, em seguida, replegue novamente o Windows.
Não se esqueça de escolher o HDD para inicializar a partir do BIOS.