Provavelmente é tarde demais para o O.P., mas talvez seja útil para os outros:
rmlint --rank-by m [paths]
... procura em [caminhos] por arquivos duplicados e cria um script de shell (rmlint.sh) que você pode usar para excluir as duplicatas. A opção - rank-by m informa para manter o arquivo com o tempo m mais antigo em cada conjunto. Existem também várias outras opções de critérios de seleção originais