Agora consegui corrigir esse problema depois de algumas horas examinando os arquivos de configuração.
Descobri que eu tinha esse código no phpmyadmin.conf em / etc / apache2 / conf-enabled /:
<IfModule mod_php5.c>
php_admin_flag engine on
php_admin_value display_errors on
php_admin_value error_reporting 30711
php_admin_flag ini_set on
</IfModule>
Isto estava substituindo o php.ini por todos os sites.
Assim que eu removi este código, ele pegou o valor do php.ini.
Postar isto caso aconteça a qualquer outra pessoa, já que esta não é a mesma solução que foi postada em outro lugar para este problema, que foi principalmente devido à edição da versão comentada do display_errors ou do arquivo php.ini errado, mas este não foi o caso. aqui.