O Proteus não está disponível para Linux nativamente.
Embora você possa ter sucesso em executá-lo através do WINE, não há garantia de que todos os recursos funcionarão, especialmente porque é um software que requer muitas bibliotecas para simular vários microcontroladores, etc.
A melhor opção para executar o software do Windows que não tem portas Linux é instalar um sistema operacional Windows, seja em uma partição separada ou como uma máquina virtual.
Caso contrário, você pode querer olhar para alternativas ao Proteus no Linux .