Quão inacessível você quer que eles sejam? O Linux possui drivers FAT e NTFS e há drivers ext2 / 3/4 para Windows. Qualquer pessoa com privilégios administrativos ou acesso físico sempre poderá obter acesso irrestrito aos dados de cada sistema de arquivos, a menos que esteja criptografado.
Se você tem medo de que os dois sistemas operacionais se misturem: eles não. Em uma configuração sã, cada sistema viverá em sua (s) própria (s) partição (ões) de disco.
¹ a menos que você os faça com uma quantidade significativa de esforço do seu lado.