Depois de fazer algumas pesquisas sobre esse tópico, eu realmente notei várias pessoas reclamando sobre o desempenho do NTFS no Linux, especialmente para fins de virtualização.
O melhor sistema de arquivos a ser usado em meus discos rígidos externos é ext4, seguido por ext3 e xfs.
Mais detalhes podem ser encontrados aqui .
UPDATE
Parece que a seguinte linha no arquivo vmx pode me ajudar a obter mais de um vm rodando ao mesmo tempo em um disco rígido externo usando NTFS:
mainmem.backing = "swap"