Como o módulo é chamado PDF :: API2, PDF será um diretório pesquisado por Perl sob um dos diretórios contidos em @INC.
Em outras palavras, e considerando as informações fornecidas, se você tiver /home/lib-11/Downloads/mirdeep2/lib/PDF
em seu @INC, ele pesquisará o diretório PDF (e possivelmente um arquivo de módulo PDF.pm) abaixo desse diretório.
Você precisa remover a parte PDF
do seu caminho e encontrar sua biblioteca:
/home/lib-11/Downloads/mirdeep2/lib/