Estou no Kubuntu 14.04, mas enfrentei o mesmo problema. Corrigido assim:
$apt-get update ; apt-get install sqlite
$sqlite3 ~/.Skype/[username]/main.db
Dentro, copie / cole isto (e pressione enter):
UPDATE messages
SET body_xml =(
SELECT SUBSTR( body_xml, files_start, alt_end - files_start ) ||
SUBSTR( body_xml, 0, files_start ) ||
SUBSTR( body_xml, alt_end )
FROM (
SELECT msg.body_xml,
instr( msg.body_xml, '<files' ) files_start,
instr( msg.body_xml, 'alt="' ) + 5 alt_end
FROM messages msg
WHERE msg.id = messages.id
)
)
WHERE type = 68
AND body_xml NOT LIKE '<file%';
Para sair, digite:
.quit
Isso salvou toda a minha história!
Fontes: