Esse problema (AFAIK) não é culpa do Ubuntu. É a própria placa gráfica.
O que eu acredito que está acontecendo é que a placa gráfica está criando um monitor "fantasma". Ele é (geralmente) desativado, a menos que seja necessário pelo computador. Isso permite que o sistema use o monitor sem precisar reinicializar.
Um possível patch para isso é simplesmente desativar o monitor extra, a menos que seja necessário. Se você tiver um laptop, procure a exibição "Modo Espelho". Bata até o segundo monitor desaparecer. Você também pode ter sorte apenas desativando a partir do menu Displays.