Para obter as configurações atuais (lista) em um terminal, é:
gsettings get com.canonical.Unity.Lenses always-search
que produz uma lista (por exemplo):
['applications.scope', 'music.scope', 'videos.scope', 'files.scope']
Para definir uma lista (alterada):
gsettings set com.canonical.Unity.Lenses always-search "['applications.scope']"
Portanto, altere get
para definir, coloque a lista entre aspas, itens na lista entre aspas (simples).
O formato é praticamente (exatamente) o que você vê no editor do dconf:
Quando você define a lista via terminal, basta colocá-lo entre aspas.