Não faz absolutamente nenhuma diferença da perspectiva do usuário. Se as duas partições do sistema operacional estão no mesmo disco ou não é irrelevante. O jargão é exatamente o que você usou, dois discos diferentes significa que dois discos físicos separados e diferentes partições podem estar no mesmo disco ou em discos separados.
A única diferença de uma perspectiva prática é que, se você tiver dois discos separados e um deles morrer, o outro não será afetado. No entanto, é perfeitamente possível que (dependendo do tipo de falha) uma determinada partição seja corrompida e outra no mesmo disco não seja afetada. Na verdade, aquém da falha de hardware catastrófica, os problemas em uma única partição não devem afetar os outros.
Em qualquer caso, você só poderá executar um único sistema operacional por vez. Novamente, isso não tem nada a ver se os sistemas operacionais estão instalados em discos diferentes ou não. Você pode, no entanto, ter seus dados espalhados por várias unidades e acessá-los ao mesmo tempo sem problemas. Por exemplo, esta é a configuração do meu servidor inicial:
$ lsblk
NAME MAJ:MIN RM SIZE RO TYPE MOUNTPOINT
sda 8:0 0 1.4T 0 disk
├─sda1 8:1 0 9.8G 0 part /media/Data
├─sda2 8:2 0 1K 0 part
├─sda3 8:3 0 1.2T 0 part /mnt/sda3
├─sda5 8:5 0 46.6G 0 part
├─sda6 8:6 0 14G 0 part
├─sda7 8:7 0 117.4G 0 part
└─sda8 8:8 0 2.3G 0 part
sdc 8:32 0 465.8G 0 disk
├─sdc1 8:33 0 29.3G 0 part /
├─sdc2 8:34 0 428.4G 0 part /home
└─sdc3 8:35 0 8G 0 part [SWAP]
sdb 8:16 0 1.8T 0 disk
└─sdb1 8:17 0 1.8T 0 part /mnt/sdb1
Na saída acima, tenho 3 discos com 12 partições diferentes. Enquanto estiverem montados, posso gravar / ler dados para qualquer um deles sem problemas.
Em suma, basta usar o que você quiser. As diferenças não são muito importantes.