Acontece que os atalhos personalizados são ligeiramente diferentes e você precisa executar 3 comandos para cada um. Eu consegui "trabalhar" com o seguinte script:
#!/bin/bash
# Add the paths for if we are adding rather than overwritting shortcuts
KEY_PATH="/org/gnome/settings-daemon/plugins/media-keys/custom-keybindings"
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.media-keys custom-keybindings \
"['$KEY_PATH/custom0/', '$KEY_PATH/custom1/', '$KEY_PATH/custom2/']"
# Now set the shortcuts
BEGINNING="gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.media-keys.custom-keybinding:/org/gnome/settings-daemon/plugins/media-keys/custom-keybindings"
$BEGINNING/custom0/ name "Take Full Screenshot"
$BEGINNING/custom0/ command "shutter --full"
$BEGINNING/custom0/ binding "Print"
$BEGINNING/custom1/ name "Grab Active Window"
$BEGINNING/custom1/ command "shutter --active"
$BEGINNING/custom1/ binding "<Alt>Print"
$BEGINNING/custom2/ name "Screenshot Selection"
$BEGINNING/custom2/ command "shutter --select"
$BEGINNING/custom2/ binding "<Shift>Print"
Observe que isso substituirá seus três primeiros atalhos personalizados (se existirem) e você poderá renomear custom0
, custom1
, custom2
de acordo para não fazer isso.
Também é necessário desabilitar manualmente os atalhos da tela de impressão como mostrado abaixo (embora seja muito grato se alguém puder apenas atualizar este script de respostas com o (s) comando (s) apropriado (s).