Com versões mais recentes do Nautilus ( 2.31.5 e posterior ) renomear arquivos .desktop na verdade altera o nome do arquivo, não o campo Name do próprio arquivo.
O Nautilus mostrará o nome completo do arquivo (com a extensão .desktop ), se o arquivo .desktop for não executável.
Por exemplo,
se Firefox.desktop for executável:

Agora,paraveronomedoarquivoreal,torneFirefox.desktopun-executable.Cliquecomobotãodireito->Propriedades->Permissões->DesmarqueAllowexecutingfileasaprogram.
Agora o Nautilus mostrará o nome completo do arquivo: