Isso está acontecendo devido à presença de caminho relativo no arquivo charles
.
# Find Charles lib directory
if [ -z "$CHARLES_LIB"]; then
CHARLES_LIB='dirname $0'/../lib # <==HERE..
if [ ! -f "$CHARLES_LIB/charles.jar" ]; then
CHARLES_LIB="/usr/lib/charles-proxy"
fi
fi
Mude-o para o caminho absoluto para que ele possa se referir ao seu próprio diretório lib
# Find Charles lib directory
if [ -z "$CHARLES_LIB"]; then
CHARLES_LIB='dirname $0'/../lib
if [ ! -f "$CHARLES_LIB/charles.jar" ]; then
CHARLES_LIB="/opt/charles/lib" #<== EDIT
fi
fi
Deve funcionar.