Você pode usar o comando juju remove-machine --force para forçar isso:
As máquinas responsáveis pelo ambiente não podem ser removidas. Máquinas unidades em execução ou contêineres só podem ser removidos com o sinalizador --force; fazendo por isso, também removerá todas essas unidades e recipientes sem lhes dar qualquer oportunidade de fechar de forma limpa.
Exemplos:
Remova o número da máquina 5 que não tem unidades ou contêineres em execução:
juju remove-machine 5
Remova a máquina 6 e todas as unidades ou contêineres em execução
juju remove-machine 6 --force
Fonte:
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juju help remove-machine