A menos que você esteja disposto a aceitar um novo conjunto de ferramentas, em vez de usar as ferramentas antigas por meio do vinho , uma alteração no Ubuntu não faz muito sentido para mim.
Tenho certeza de que há muitas pessoas competentes aqui que podem dar conselhos sobre a compilação cruzada no Eclipse (ou qualquer outro IDE) no Ubuntu.
O LibreOffice com seus módulos (Writer, Calc, Impress) é um bom substituto para o MS Office (MSO). O LibreOffice Writer vem com um Editor de Equações, comparável ao do MSO. O último é uma versão simplificada do MathType.
Se você quiser digitar, gráficos, etc. com alta qualidade e prontos para publicação, por favor considere dar LaTeX uma chance.