Também tive este sintoma e foi um problema de configuração.
Para verificar se isso é um problema de configuração, tente criar uma nova conta de usuário descartável e faça login usando isso. Se o problema acabou, é um problema de configuração.
Nessa nota, você excluiu todos os itens a seguir (ou removeu-os do caminho)?
.config/dconf
.config/gnome-*
.config/gtk-*
.config/nautilus-*
.gconf
.local
Editar: outras coisas para verificar:
- Você está usando
gdm
(o gerenciador de exibição do GNOME)? - As permissões de arquivo estão corretas em seu diretório pessoal? O Gnome realmente não gosta de não poder gravar arquivos de configuração.