A solução que você propôs é complexa e não é portável (o Windows precisará de drivers extras especiais para ler ext e não são estáveis).
Não há problemas , use o software freeware do Windows Ninja Pendisk .
O Ninja Pendisk é totalmente portátil, autocontido, não requer instalação e protege sua máquina Windows de qualquer vírus ou malware transmitido via USB:
(do site)
além de remover arquivos virulentos conhecidos, essa ferramenta também imunizará seu pendisk e criar uma pasta chamada autorun.inf com especial permissões de proteção para proteger seu pendisk de ser infectado novamente quando conectado a computadores contaminados
Eu sempre usei e é muito útil!
Comente aqui, caso tenha outras dúvidas e pressione a seta PARA CIMA se eu puder ajudar.
Tenha um dia seguro.