Portanto, se você entrar na seção "avançada" da instalação, poderá escolher quais partições deseja usar. Se tudo o que você deseja preservar está na partição de dados, você pode simplesmente optar por formatar sua partição antiga do 12.10 (eu recomendo isso com a atualização).
Se você quiser verificar o formato de suas partições antes de iniciar tudo isso para ter uma idéia de quais partições você escolheria, você pode instalar o gparted a partir do terminal (usando sudo apt-get install gparted) e em seguida, execute-o a partir do terminal (usando o sudo gparted). Infelizmente as partições não são bem nomeadas para o usuário médio, então você tem que saber qual é o seu ubuntu 12.10, mas vai ajudar e você não precisa decidir no local durante a instalação.
P.S. Como regra geral, a menos que você não se importe de limpar acidentalmente todo o seu disco rígido, eu recomendaria não fazer nenhuma das opções padrão no guia de instalação e sempre avançar. Isso lhe dá muito mais controle, especialmente se você tiver vários sistemas operacionais instalados.