[RESOLVIDO]
Eu acho que é duplicado com: As notificações do Notify-osd aparecem sem temas no canto superior esquerdo
Eu lembro que esse problema começou quando eu instalei i3 window manager. Infelizmente o i3 automatic instala seu próprio daemon de notificação, dunst que "conflic" com notify-osd . Então, eu só tenho que desinstalar i3 e tudo corrigido.
sudo apt-get purge i3 i3-wm i3lock i3status dunst
sudo apt-get autoremove
killall dunst