Você pode ter ambas as interfaces ativadas, isso não significa que elas estejam ativas. Na verdade, eles estão ativos quando têm um endereço IP, o que, no seu caso, não parece estar acontecendo.
Se você realmente não deseja ter ambas as interfaces ativadas, pode reduzir um com o comando que você deu:
sudo ifconfig wlan0 abaixo
Se você quiser novamente, faça
sudo ifconfig wlan0 up
Eu sugiro que você não se importe com as duas cartas, já que você está usando o wlan1.