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Sim, não funcionará porque a partição do Windows não está montada por padrão. Para que o atalho não desapareça após a reinicialização, você deve adicionar uma entrada para essa partição do Windows em
/etc/fstab
. Agora, o link simbólico aparecerá na área de trabalho, mesmo depois de uma reinicialização. -
Veja esta página para criar a entrada fstab para sua partição Windows.