Se sua estrutura de diretórios é a seguinte:
├── subfolder1
│ ├── foo.txt
│ └── bar.other
└── subfolder2
├── foo2.txt
└── baz.old
Executando o seguinte comando:
find . -maxdepth 1 ! -path . -type d -exec sh -c "mkdir {}/newfolder && mv {}/*.txt {}/newfolder" \;
Criará a estrutura em árvore abaixo:
├── subfolder1
│ ├── newfolder
│ │ └── foo.txt
│ ├── bar.other
└── subfolder2
├── newfolder
│ └── foo2.txt
├── baz.old