Eu enfrentei o mesmo problema: usei pactl load-module module-jack-sink; pactl load-module module-jack-source
na inicialização ao usar o QJackCtl para redirecionar a saída do PulseAudio para o Jack, mas funcionou, mas o som estava silencioso.
Descobri que, se meu nível de volume fosse, digamos, 30% antes de iniciar o QJackCtl, parece pensar que esse é o volume máximo que ele pode obter, portanto, esse volume será de 100%.
Então, eu volto o volume para o máximo e inicio o QJackCtl e agora o volume do som está bom.
Espero que isso ajude.