A solução padrão para problemas como este é executar o reparo de inicialização:
Você pode executar isso de dentro do Ubuntu, ou há também uma imagem de CD disponível no site linkado acima.
O boot-repair é capaz de corrigir problemas com a inicialização do Windows, não apenas com o Ubuntu, e deve até mesmo funcionar para sistemas de inicialização dupla.
Quanto à razão do seu problema, é mais provável que o instalador do Ubuntu tenha modificado as informações de inicialização do seu computador no UEFI de uma maneira que não é compatível com a maneira como você estava inicializando antes. Esta é uma má notícia para a partição do Windows, pois perdeu a capacidade de inicialização. É possível que você resolva esse problema com o CD de reparação do Windows, mas você ainda não conseguirá inicializar o Ubuntu e, em alguns casos, poderá exigir a reinstalação do Windows, o que não é o ideal. É mais provável que o reparo de inicialização seja bem-sucedido.
Execute o reparo de inicialização com cuidado e não altere nenhuma das suas configurações padrão, a menos que você tenha lido completamente a página que eu vinculei e / ou sua documentação.